中藥清洗加工設備過程中產生的廢水主要特點為是，該廢水污染物濃度高、色度高，污水的成分復雜，生物處理有一定的難度。因此對該類廢水進行處理前，應盡可能考慮將整個生產過程實現清潔生產，使廢水處理前的水質得到改善，既可以減少污染，又降低污水處理費用。
    近年來國內對中藥廢水的治理進行了，卓有成效的研究，但均著眼于末端治理的開發，沒有從系統的角度出發，對污染工序的全過程進行控制。在市場竟爭日趨激烈的情況下，企業產品頻繁改變，原藥材料更換，必然對處理效果帶來沖擊。為了減輕末端治理的難度，提高廢水的水質，水量實行總量控制，盡量減少各生產環節的排污，實行清潔生產工藝就顯得尤為重要。
    根據中藥加工的特點，可以采取的操作方法為:減少用水量、提高洗水效率、保持提取質量以及減少提取殘液排放等。節約用水，循環用水仍是減少用水量的基本方式，這有賴于操作人員節約水資源意識的提高。